侯瑱字伯玉，巴西充国人。父亲侯弘远，承袭父祖势位，也是西蜀一带的地方首领。蜀贼张文萼占据白崖山，有部属一万多人，梁朝益州刺史鄱阳王萧范派侯弘速前去征剿。侯弘远阵亡，侯瑱坚决请求参战报仇，每次出战必定争先杀入敌阵，终龄斩杀了张文萼，因此远近知名。于是就跟随萧范为他效力，萧范委任他为将帅，山谷中的蛮夷有不归顺的，都派侯瑱去征剿。累计战功被任命焉轻车府中兵参军、晋康太守。萧范担任雍州刺史时，任命侯瑱焉超武将军、冯翊太守。萧范升任镇守合肥，侯瑱也跟随到任。侯景围困台城，萧范就派侯瑱辅助自己的世子萧嗣，进军救援京都。京城失陷后，侯瑱和萧嗣退兵回到合肥，侯瑱仍旧跟随萧范调任镇守湓城。不久萧范和萧嗣都死了，侯瑱领着他们的部属，投靠豫章太守庄铁。庄铁疑忌侯瑱，侯瑱恐惧不安，就骗请庄铁前来商量大事，乘机杀掉了他，进而控制了豫章地区。侯景的将领于庆向南攻城夺地直达豫章，沿路的城镇都被攻陷了，侯瑱无路可走，只好投降了于庆。于庆把侯瑱押送给侯景，侯景因为侯瑱与自己同姓，就假托是宗族，对他非常好，但留下他的妻子儿女和弟弟当人质。派他随着于庆去攻占蠡南各郡。到侯景在巴陵失败，他的将领宋子仙、任约等一起被西路军俘获，侯瑱就诛杀侯景的党羽，接应义军，侯景也把他的妻子儿女和弟弟全部杀掉。梁元帝任命侯瑱为武臣将军、南充州刺史，封为郫县侯，食邑一千户。随后侯瑱随从都督王僧辫继续讨伐侯景，常常担任先锋，每次战斗都击退了敌人。收复台城后，侯景向昊郡逃奔，王僧辩派侯瑱带兵追击，与侯景在昊松江交战，大败侯景，缴获了他的全部军用物资。又进军钱塘，侯景的将领谢答仁、吕子荣等全部投降。因有战功侯瑱被任命为南豫州刺史，镇守姑熟。

    承圣二年，北齐派遣郭元建从濡须出兵犯境，王僧辩派侯瑱带领士兵三千人，在束关构筑堡垒抵御，大败了郭元建。侯瑱被任命为使持节、征北将军，赏给鼓吹乐一部，增赐食邑二千户。西魏来犯剂州，王僧辩派侯瑱为先头部队，前去救援，但还没有到达荆州就失陷了。逭时侯瑱已经到了九江，于是就保护晋安王回到京都。梁敬帝秉承皇帝旨意任命侯瑱为侍中、使持节、都督江晋昊齐四州诸军事、江州刺史，改封爵位为康乐县公，食邑五千户，提升官号焉车骑将军。司徒陆法和盘据郢州，勾引齐兵入侵，梁朝就派侯瑱统率各路军马向西讨伐，侯瑱还没有到达郢州，陆法和就已经率领他的部属向北退入齐境。齐人派遣慕容恃德镇守在夏首，侯瑱指挥正在束返江州的部蒙转头向西，然后从水陆两路发起进攻，慕容恃德军粮已尽，停战求和，侯瑱回军镇守豫章。王僧辩派他的弟弟王僧倍领兵与侯琐共同征讨萧勃，到高祖诛杀王僧辩时，王僧倍暗中企图谋害侯瑱兼吞他的军队，侯瑱知道了这一阴谋，就拘押了王僧倍的全部同伙，王僧情逃入齐境。绍泰二年，侯瑱以现任的官职加衔开府仪同三司，其它的封赏仍旧。这时，侯瑱据有长江中流地区，兵势非常强盛，又因为原来曾焉王僧辩服务，所以虽然表面上向朝廷表示臣僚的礼节，但并没有入朝朝觐的意思。原先，余孝顷担任豫章太守，当侯瑱赴任镇守豫章时，余孝顷就在新昊县另外筑城设栅，与侯瑱相对峙。侯瑱把军中成员的妻儿留在豫章，派堂弟侯蒲主持后方事务，全军出发尽力进攻余孝顷。从夏天到冬天，都没能攻下来，于是就四面合围困逼余孝顷，收取了围外的全部庄稼。侯蒲与部下侯方儿不和，侯方儿发怒，率领所部进攻侯蒲，抢劫了侯瑱帅府中的歌女妻妾金银珠玉，归附高祖。侯瑱已经失去了大本营，兵员也全部溃散了，只好空身一人独回豫章，豫章人拒绝他入城，他就奔向湓城，投靠那里的守将焦僧度。焦僧度劝侯瑱投顺北齐，但侯填认为高祖有宽宏的度量，一定能宽容自己，于是就到朝廷请罪，高祖恢复了他的爵位。

    永定元年，高祖任命侯瑱为侍中、车骑将军。二年，升任为司空。王琳兵到沌口，周文育、侯安都一起败陷在王琳军中。于是高祖任命侯瑱为都督西讨诸军事。侯瑱到达梁山。世祖即位后，又升任他为太尉，增赐食邑一千户。王琳到了栅口，世祖又任命侯瑱为都督，侯安都等一起隶属于他。侯瑱与王琳两军对峙了一百多天，未分胜负。天嘉元年二月，东关的春水逐渐上涨，能通舟舰，王琳率领合肥澡湖的大军，舟船衔接顺水疾下，声势非常浩大。侯瑱率领军队进驻虎槛洲，王琳也在江面西岸水域排船列阵，两军隔洲停泊。第二天一会战，王琳军队稍微后退，保守西岸。刭了傍晚，大刮东北风，吹撼王琳的舟舰，舟舰都遭到毁坏，陷没在泥沙滩裹，淹死了数十上百人。因为浪涛太大，舟舰无法退回水口，半夜又有流星陨落在王琳营裹。到了早晨风平浪静了，王琳才进入水口整理舰船，用满载芦荻的船只堵塞水口，又沿岸埋插鹿角，不敢再战。这时西魏派出来跟踪王琳的大将军史宁到了上流，侯瑱得知逭一消息，断定王琳不可能支撵多久，就回军据守湖口，等候王琳的失败。当史宁兵到，围住了郢州，这时王琳担心部属溃散，就率领船队束下，在距离芜湖十里的地方停泊，警戒巡夜的柝声遍传军中。第二天，齐人调派了敷万士卒救助王琳，王琳率领部属奔向梁山，意图越过官军到险要的地方驻扎。齐的仪同刘伯球率领一万多人帮助王琳水战，行台慕容恃德的儿子慕容子会率领两千铁骑驻扎在芜湖西岸的博望山以南，为王琳壮大声势。侯瑱命令全军黎明时分就饱餐战饭，分头守在芜湖洲尾等候战斗。即将开战时，吹起了东南小风，侯瑱的各路水军使用抛物机抛火烧船。定州刺史章昭达乘平虏大舰，挺进江心，拨机抛火正中贼舰，其它的冒突、青龙等战船，也各自遇敌厮杀。又用以生牛皮遮裹船身的小斗舰，撞击贼舰，并且熔铁成汁洒向敌船。王琳全军大败。他的保守西岸的步兵，自相践踏，马匹一起陷进了泥水芦荻丛里，弃马逃脱的才十分之二三。堡填缴获了敌军的全部舟舰器械，一并抓获了齐将刘伯球、慕容子会，其余被俘获斩杀的敌兵敷以万计。王琳和他的同党潘纯陁等仅乘一只舴艋小舟冲出阵围逃到湓城，还想收集溃散了的残兵败将，但无人依附，才不得不和妻妾左右十几人逃入齐境。这年，天子下诏书任命侯瑱为都督湘、巴、郢、江、昊等五州诸军事，镇守湓城。周将贺若敦、独孤盛等侵犯巴、湘时，朝廷又任命侯瑱为西讨都督，与独孤盛在西江口大战，大败了独孤盛军队，俘获他的人马器械，不可胜敷。因有战功被任命为使持节、都督湘桂郢巴武沅六州诸军事、湘州刺史，改封为零陵郡公，食邑七干户，其它的封赏仍旧。

    二年，因为患病上表奏请回朝。三月，在回朝的路上薨，这年五十二岁。追赠焉侍中、骠骑大将军、大司马，加羽葆、鼓吹、班剑二十人，赏赐皇家棺木，谧号是壮肃。这年九月，配享在高祖祭庙。儿子侯净藏继承。侯净藏娶世祖第二个女儿富阳公主焉妻，凭藉公主被任命为员外散骑侍郎。太建三年去世，迫赠焉司徒主簿。侯净藏没有儿子，由弟弟侯就继承封赏。